Местное управление Мышкинского муниципального района состоит из представительского органа - Собрания депутатов Мышкинского муниципального района и органа исполнительной власти - Администрации Мышкинского муниципального района.
В настоящее время Главой Мышкинского муниципального района является Анатолий Геннадьевич Курицин, избранный в марте 2008 года сроком на 5 лет.
В состав муниципального района входят городское поселение Мышкин и 4 сельских поселения: Охотинское, Приволжское, Рождественское и Шипиловское.
